馬家巖站位于石小路東側的平頂山下，為地下雙層島式車站。該站埋深60米，僅次于重慶軌交六號線紅土地站(地下埋深61米)，為國內第二深埋地鐵車站。該站為馬家巖車場左出入段線接軌站，站內有員工通道通向馬家巖車場。該站歷經多年建設，已于2013年9月25日正式開通。已開放的兩個出入口均有公交車站接駁，換乘方便。

1A號口信息：重慶軌交馬家巖綜合基地(該出口為員工通道，暫不對外開放)

1B號口信息：石小路/天馬路

2號口信息：石小路/平頂山文化公園