南京地鐵S3號線采用大小交路混跑的運行模式，大交路從南京南站到高家沖站，單趟運營時間為49分鐘，小交路從南京南站到劉村站，單趟運營時間為25分鐘。以下是南京地鐵s3號線時刻表。

溫馨提示：請乘客在乘坐末班車前，充分考慮購票、站內行走和換乘時間，按時刻表信息提前5分鐘進站，以免耽誤行程。